按照“三定规定”，舟山市交通运输局的主要职责为：组织拟订全市综合交通运输发展规划和政策，组织拟订并实施公路、水路客运、陆岛交通码头等专项规划和标准；负责提出公路、水路客运、陆岛交通码头固定资产投资规模、方向和资金安排建议并监督使用，提出交通运输发展专项资金安排意见并监督实施；负责全市公路、陆岛交通码头工程建设等行业管理工作，负责全市公路养护、公路路政、公路收费的管理工作，负责全市道路运输和水路客运及相关产业的行业管理工作；负责、指导并组织实施全市交通运输领域综合行政执法工作，负责、指导公路、水路客运等行业的安全生产监督和应急管理工作等。

舟山市交通运输局内设11个职能处室，分别为办公室、组织人事处、政策法规处（行政许可服务处）、财务与审计处、规划处、道路运输处（市治堵办、市春运办）、安全处、建设管理处、公路处、水路客运处、科教信息化处。另有直属机关党委、工会委员会、团工委、市交通战备办公室（挂人武部牌子）等4个部门，共有行政编制37名。